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在多功能微耕机发动机启动后，仔细观察排气管排出的烟色和倾听发动机的声音，当确认发动机工作正常后，在离合器状态时，选择适当的档位，再结合离合器，耕作机具开始转动，多功能微耕机可进行田间作业正常工作，千万不要在离合器结合状态下强行挂档，否则就会打烂传动箱齿轮，造成不必要的损失。若离合器分离不清，必须先进行调整，直到离合器能分离清时才能挂档。 当握紧离合器手柄时，离合器处于结合状态，不握离合器手柄或松开离合器手柄时，离合器处于分离状扳杆式离合器的操作方法是：把扳杆向前推，离合器结合，扳杆向后拉，离合器分离。
在使用多功能微耕机时需要注意检查传动箱的润滑油将微耕机放置在水平地面上，取出传动箱的注油孔螺塞，油位应在注油孔的下边沿，若油位低于注油孔下边沿，应补充清洁的齿轮油，若传动箱内无油或油量不足，多功能微耕机传动箱内的齿轮和轴承等会在数分钟内损坏。检查燃油箱中的燃油若燃油不足，应补足燃油，汽油机用号以上的汽油，柴油机用普遍轻柴油，气温在"℃" 0℃以下时，用10号轻柴油。多功能微耕机加油时严禁吸烟和任何火星检查水箱中的水位（指水冷式柴油发动机)将清洁水加入水箱，至浮子上升至高处。